Die Liquoranalytik umfasst ein Basis- und Notfallprogramm (visuelle Beurteilung der Liquorprobe, Zellzahl, Gesamtprotein, Laktat, Glucose), die Liquorproteinanalytik (Albumin, Immunglobuline IgG, IgA, IgM und Bewertung nach Reiber-Schema, oligoklonale Banden), Infektionsdiagnostik (Erregernachweise im Liquor, erregerspezifische Antikörper) sowie Parameter für spezifische Fragestellungen (Demenzmarker und weitere Marker für ZNS-Erkrankungen). 

Liquorproben müssen so schnell wie möglich ins Labor transportiert werden. Insbesondere bei V.a. Meningitis, zur Bestimmung der Liquorzellzahl und zur Erstellung zytologischer Präparate muss der Zeitraum zwischen Probenentnahme und Untersuchung so kurz wie möglich sein (maximal 2 Stunden). Gegebenenfalls sollte eine Sonderabholung mit dem Labor vereinbart werden.

Probe unter streng aseptischen Bedingungen gewinnen und in ein steriles Röhrchen überführen (gut verschließen)! Parallel dazu kann ein Teil der Probe in Blutkulturflaschen eingeimpft werden (bei V.a. bakterielle Meningitis). Bitte spezielle Plastikröhrchen für Liquor verwenden (keine Glasröhrchen oder Probengefäße aus Polycarbonat). Bei jeder Punktion sollte wenn möglich mindestens 3 ml Liquor gewonnen werden; die Aufteilung auf mehrere Gefäße ist sinnvoll (Reihenfolge auf Probenröhrchen festhalten, wichtig bei Verdacht auf artefizielle Blutkontamination). Für eine umfassende Liquordiagnostik (inklusive einer Aussage über eine mögliche autochtone Produktion von Immunglobulinen oder erregerspezifischen Antikörpern im ZNS), ist die parallele Untersuchung von zeitnah entnommenen Liquor- und Blut-Proben erforderlich. Idealerweise sollten 5-10 ml Liquor und 5 ml Blut zur Verfügung stehen.