Der direkte Nachweis eines Erregers (Kultur oder molekulargenetischer Nachweis oder Nachweis von Stoffwechselprodukten) kann nur aus Kompartimenten erfolgen, in denen er sich passager oder dauerhaft während seines Vermehrungszyklus aufhält oder in die Stoffwechselprodukte ausgeschwemmt werden. Hierzu ist die Entnahme von Abstrichen, Sekreten, Punktaten oder Bioptaten vom Ort der vermuteten Infektion notwendig (siehe Hinweise zur Präanalytik für mikrobiologische Untersuchungen).
Der Einsatz kultureller Verfahren hängt vom am Entnahmeort wahrscheinlichen Erregerspektrum und von der möglichen Begleitflora ab. Die Kenntnis des Entnahmeortes ist deshalb für eine sinnvolle mikrobiologische Diagnostik zwingend erforderlich.