Zur Identifizierung von bakteriellen Erregern stehen je nach Anforderung Schnelltests (wie z.B. bei ß-hämolysierenden Streptokokken der Gruppe A oder Legionellen), biochemische oder technische Identifikationssysteme (Maldi-TOF) aus Reinisolaten sowie molekularbiologische Methoden zur Verfügung. Bei einer allgemeinen Anforderung auf "Erreger" (mit oder ohne Resistenztestung) werden grundsätzlich alle potentiell pathogenen Erreger (abhängig von Materialart und Lokalisation) identifiziert, die auf den jeweiligen Standardnährböden angezüchtet bzw. vom Testverfahren erfasst werden (im Gegensatz zu den unter "Gezielte Untersuchungen auf spezielle Erreger", aufgeführten Erregern, wo ausschließlich eine Aussage zum Zielorganismus getroffen wird).

Üblicherweise liegt das Ergebnis von Bakterienidentifizierungen innerhalb von Stunden bis zu 2 Tagen vor (Ausnahme: spezielle Wachstumsbedingungen, langsam wachsende Keime, unübliche Erreger mit Versand an ein Referenzlabor). Keime höherer Gefährdungsklassen (Sicherheitsstufe 3 und 4) dürfen im Standardlabor nicht abschließend befundet werden, hier ergibt sich durch den Versand an ein geeignetes Hochsicherheitslabor zwangsläufig eine zeitliche Verzögerung.